Laborbuch

Heute wollen wir ein Laborbuch zur Verwaltung von Projekten und Experimenten erstellen.

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Organisation

Die Projektdatei im Zip-Format gibt es hier:
Projekt Laborbuch

Hier geht es direkt zum generierten Programm:
Link zur LiveDemo

Inhalt:
Szenario
Konfigurator
Weboberfläche
Anwendungsbeispiel

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Szenario

Wie immer bauen wir auf dem Wissen der vorherigen Tutorien auf.

Das Laborbuch kommt in einem biochemischen Labor zum Einsatz. Es gibt Dort Projektleiter, Experimentatoren, einen Administrator und Laboranden. Letztere dürfen nichts in die Datenbank eintragen, sondern lediglich bestimmte Bereiche betrachten.

Projektleiter, z.B. Forschungsgruppenleiter, planen Projekte und legen sie an. Daraufhin führen Experimentatoren Versuche durch und tragen ihre Ergebnisse ein. Meist gehen sie dabei nach festgelegten Protokollen vor, die ebenfalls eingetragen werden.

Diese Datenbank ist stark vereinfacht und kann leicht erweitert, und beliebig komplex gestaltet werden.

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Konfigurator

Im Konfigurator legen erstellen wir als erstes ein paar eigene Datentypen an. Diese vereinfachen später den Umgang mit der Datenbank. Wir nennen unsere Datentypen Forschungsgruppe, Status und Spezies.
Forschungsgruppe bekommt die Elemente:

• AG Amann
• AG Befrau
• AG Cefrau
• AG Demann.

Es ist nicht auszuschließen das Forschungsgruppen hinzukommen, deshalb machen wir ein Häkchen bei Erweiterbar. Eine Mehrfachauswahl ist dagegen nicht sinnvoll, da jeder Forschende nur einer Arbeitsgemeinschaft angehören kann.

Der Datentyp Status bekommt die Elemente:

• Geplant
• offen
• publiziert

und ist weder erweiterbar noch ist eine mehrfache Auswahl sinnvoll.

Eine mehrfache Auswahl ist auch beim Datentyp Spezies nicht angebracht. Dafür sollte dieser jedoch erweiterbar sein. Zum Anfang wollen wir uns mit den Elementen:

• Human
• Mouse
• Rat
• Drosophila
• Xenopus
• Sonstige

begnügen. Das letztgenannte fungiert als Platzhalter.

Jetzt widmen wir uns dem eigentlichen Aufbau der Datenbank. Dazu erstellen wir die vier Datenobjekte: Person, Projekt, Experiment, Protokoll und dazu passende Beziehungen.

Experiment:

• Name/Bezeichnung
• Ziel
• Menge an Zellen
• Spezies (siehe oben, selbst definierter Datentyp)
• Zeitraum
• Bemerkungen

Das Experiment enthält alle Daten zu den durchgeführten Versuchen.

Damit wir in der fertigen Anwendung eine bessere Übersicht haben, passen wir noch den Bezeichner an.

Projekt:

• Name
• Zeitraum
• Status (siehe oben, selbst definierter Datentyp)
• Abschlussbericht

Das Projekt ist das Herz der Datenbank. Hier werden alle Informationen zu den Projekten verwaltet.

Person:

• Name
• Vorname
• Forschungsgruppe (siehe oben, selbst definierter Datentyp)

In Person sind alle Personendaten gespeichert.

Protokoll:

• Bezeichnung
• Anleitung
• Anpassung

Das Protokoll enthält die Anleitung zum durchführen von Experimenten, ähnlich wie ein Rezept beim Kochen.

Auch bei diesen Datenobjekten passen wir die Bezeichner an.

Nun können wir uns in den Datenobjekten Projekt und Experiment noch die jeweiligen Beziehungen anzeigen lassen. Für Experiment wären das:

• Experimentator (Datenobjekt Person)
• Projekt
• Protokoll.

Für das Datenobjekt Projekt wählen wir

• Projektleiter (Datenobjekt Person)
• Experiment.

Damit wir, wenn wir später die Beziehung betrachten, auch Projektleiter angezeigt bekommen, und nicht nur Person, können wir beim anlegen der Beziehung gleich diesen Rollennamen angeben.

Kommen wir nun zu den Berechtigungen.
Die bereits oben genannten Benutzergruppen:

• Administratoren
• Useradmin
• Leiter
• Experimentator
• Laborant

können wir schon erstellen.

Administratoren bekommen Vollzugriff auf alle Datenobjekte und als einzige die Berechtigung auf die Verwaltung zuzugreifen. Diese Benutzergruppe ist bereits vorhanden, wir müssen sie aber noch anpassen indem wir den Vollzugriff einstellen.

Nun erstellen wir die Useradmins und als ersten Benutzer HeinzAdmin.

Useradmins dürfen nur auf das Datenobjekt Person zugreifen.

Selbstverständlich braucht man als Personalverantwortlicher in diesem Bereich auch entsprechend Vollzugriff.

Leiter erhalten Lese-, Anlege- und Änderberechtigung auf:

• Protokoll
• Person
• Projekt
• Experiment
• Projekt_Experiment
• Experiment_Protokoll

Experimentatoren bekommen Lese-, Anlege- und Änderberechtigung auf:

• Protokoll
• Experiment
• Experiment_Protokoll
• Person_Experiment

Laboranten erhalten dagegen nur Leseberechtigung für folgende Objekte:

• Protokoll
• Projekt
• Experiment
• Projekt_Experiment
• Experiment_Protokoll

Nachdem wir die Berechtigungen geregelt haben, kehren wir kurz zum Datenobjekt Person zurück. Dort können wir nun, über Datenobjekt bearbeiten und Erweiterte Optionen, die Benutzergruppen Leiter und Experimantator einbinden.

Eigentlich können wir nun das Ganze generieren, aber da fällt uns ein, dass wir ja noch einen weiteren Rollennamen einführen könnten. Zum Glück ist das kein Problem. Wir wählen die Beziehung Person_Experiment. Die Person bekommt jetzt den Namen Experimentator.

Auf zum Generieren!

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Weboberfläche

Hier müssen wir keine weiteren Einstellungen vornehmen, deshalb können wir direkt zum Beispiel übergehen.

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Anwendungsbeispiel

Als erstes wollen wir uns zwei Personen anlegen.
Den Projekt-/Forschungsgruppenleiter Heinz Amann (Anmeldename: Kalle), der die AG Amann leitet. Außerdem die Experimentatorin Martha Mattens (Anmeldename: Mattens), die für ihn arbeitet.
Der Einfachkeit halber bekommen beide das gleiche Passwort: 123#321.

Dann können wir auch schon ein erstes Projekt mit folgenden Daten erstellen:

• Name: Schweinegrippe
• Projektleiter: Amann Heinz
• Zeitraum: 01.01.09-31.12.09
• Experimente: (kommt später)
• Status: offen
• Ergebnis: Ergebnis.txt.

Den Projektleiter können wir auswählen, die Ergebnisdatei über das entsprechende Feld verlinken.

Damit wir unser erstes Experiment vollständig anlegen können, müssen wir wenigstens ein Protokoll erstellen.
Dafür wählen wir das Datenobjekt Protokoll und dort Neu erstellen aus. Der Name wird Western Blot – Standard und bezeichnet ein gebräuchliches Verfahren zum Nachweis von Proteinen. Unter Anleitung können wir dieses Verfahren eintragen.

Kommen wir jetzt zum ersten Experiment. Dieses bekommt folgende Werte:

• Name/Bezeichnung: Proteine zum Markieren von H1N1 Viren
• Gehört zum Projekt: Schweinegrippe …
• Durchgeführt nach Protokoll: Western Blot – Standard
• Beschreibung: hier einen spannenden Text eintragen
• Menge an Zellen: 1000000
• Spezies: Ergebnis.txt.
• Zwitraum: 01.12.09-20.12.09.
• Inkubationszeit: 72.
• Bemerkung: /.

Das Ganze speichern und fertig ist der erste Datensatz!